Análisis genético del SARS-CoV-2 en Armenia

Este estudio pretende analizar genéticamente el SARS-CoV-2 en la población armenia mediante la secuenciación del genoma completo con nanoporos


Descripción del estudio:

  • Título: Genetic analysis of SARS-CoV-2 in Armenia.
  • Investigador principal: Arsen Arakelyan.
  • Co-investigadores: Diana Avetyan, Siras Hakobyan,Maria Nikoghosyan, Roksana Zakharyan, Tamara Sirunyan, Gisane Khachatryan, Nelly Muradyan y Andranik Chavushyan.
  • Centros de implementación: Instituto de Biología Molecular NAS RA, Departamento de Bioingeniería y Bioinformática de la Universidad Ruso-Armenia.
  • Población del estudio: 24 muestras clínicas de pacientes positivos a COVID-19.
  • Tipo de estudio: Investigación experimental.
  • Métodos: Secuenciación nanoporosa, variant calling, anotación funcional, análisis filogenético.

Objetivos del estudio:

Objetivo principal: Caracterización genética de los aislados clínicos de SARS-COV-2 en Armenia mediante la secuenciación del genoma completo con nanoporos. Este estudio puede contribuir a las acciones de salud pública al proporcionar la estructura filogenética del brote de la enfermedad, rastrear las redes de transmisión, identificar nuevas mutaciones en el genoma viral asociadas con los cambios en las tasas de transmisión, el curso de la enfermedad, e interferir con las pruebas de diagnóstico.

Más sobre este estudio:

Contexto científico: Ha pasado casi un año desde el registro oficial del primer caso de infección por coronavirus en la República de Armenia. Sin embargo, hasta ahora no se ha determinado qué mutaciones concretas del SARS-CoV-2 son comunes en Armenia. Por otra parte, conocer el tipo de mutación es muy importante desde el punto de vista epidemiológico.

Basándose en lo anterior, el presente estudio fue diseñado en el marco de la colaboración entre el Laboratorio de Genoma Humano e Inmunómica del Instituto de Biología Molecular de la Academia Nacional de Ciencias de Armenia, el Grupo de Bionformática y los investigadores del Departamento de Bioingeniería, Bioinformática y Biología Molecular de la Universidad Ruso-Armenia.

Como resultado de esta colaboración, se hizo posible la secuenciación de tercera generación. Los trabajos de identificación de las variantes del virus y de análisis de las mutaciones en el genoma siguen en curso. Según los datos preliminares, todas las muestras contienen la mutación D614G en el gen S (glicoproteína Spike) que asegura la interacción del virus con las células humanas. Esta variante del virus se identificó en febrero de 2020 y es muy común en todo el mundo.

Las 12 muestras estudiadas en este estudio no contenían las variantes sudafricana y británica del coronavirus.

Las muestras se obtuvieron en el Laboratorio de «Referencia» del «Centro de Control y Prevención de Epidemias» del Ministerio de Salud de Armenia. Los resultados se presentarán al Centro con fines epidemiológicos.

Agradecimientos: El secuenciador de tercera generación y todo el equipo complementario necesario se obtuvieron mediante la aplicación del programa del Fondo de Subvenciones para la Innovación en la Universidad Armenia-Rusa de Armenia y subvenciones proporcionadas por el fabricante de equipos «Seeding Labs» en 2017 y 2019. Algunos de los reactivos necesarios fueron proporcionados por Lilit Nersisyan, PhD, postdoc en la Universidad de Karolinska en Suiza, y otra parte fue adquirida gracias a la financiación de la Universidad Armenia-Rusa. El análisis bioinformático fue realizado por los recursos del Instituto de Informática y Problemas de Automatización de la Academia Nacional de Ciencias.

Armenia
Rusian Armenia


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