Anàlisi genètica de la SARS-CoV-2 a Armènia

Aquest estudi pretén analitzar genèticament el SARS-CoV-2 en la població armènia mitjançant la seqüenciació del genoma complet amb nanoporus


Descripció de l’estudi:

  • Títol: Genetic analysis of SARS-CoV-2 in Armenia.
  • Investigador principal: Arsen Arakelyan.
  • Co-investigadors: Diana Avetyan, Siras Hakobyan,Maria Nikoghosyan, Roksana Zakharyan, Tamara Sirunyan, Gisane Khachatryan, Nelly Muradyan i Andranik Chavushyan.
  • Centres d’implementació: Institut de Biologia Molecular NAS RA, Departament de Bioenginyeria i Bioinformàtica de la Universitat Rus-Armènia.
  • Població de l’estudi: 24 mostres clíniques de pacients positius a COVID-19.
  • Tipus d’estudi: Investigació experimental.
  • Mètodes: Seqüenciació nanoporosa, variant calling, anotació funcional, anàlisi filogenètic.

Objectius de l’estudi:

Objectiu principal: Caracterització genètica dels aïllats clínics de SARS-COV-2 a Armènia mitjançant la seqüenciació del genoma complet amb nanoporus. Aquest estudi pot contribuir a les accions de salut pública al proporcionar l’estructura filogenètica del brot de la malaltia, rastrejar les xarxes de transmissió, identificar noves mutacions en el genoma viral associades amb els canvis en les taxes de transmissió, el curs de la malaltia, i interferir amb les proves de diagnòstic.

Més sobre aquest estudi:

Context científic: Ha passat gairebé un any des del registre oficial del primer cas d’infecció per coronavirus a la República d’Armènia. No obstant això, fins ara no s’ha determinat quines mutacions concretes de la SARS-CoV-2 són comuns a Armènia. D’altra banda, conèixer el tipus de mutació és molt important des del punt de vista epidemiològic.

Basant-se en l’anterior, el present estudi va ser dissenyat en el marc de la col·laboració entre el Laboratori de Genoma Humà i Inmunómica de l’Institut de Biologia Molecular de l’Acadèmia Nacional de Ciències d’Armènia, el Grup de Bionformática i els investigadors de el Departament de Bioenginyeria, Bioinformàtica i Biologia Molecular de la Universitat Rus-Armènia.

Com a resultat d’aquesta col·laboració, es va fer possible la seqüenciació de tercera generació. Els treballs d’identificació de les variants de virus i d’anàlisi de les mutacions en el genoma segueixen en curs. Segons les dades preliminars, totes les mostres contenen la mutació D614G en el gen S (glicoproteïna Spike) que assegura la interacció de virus amb les cèl·lules humanes. Aquesta variant de virus es va identificar al febrer de 2020 i és molt comú a tot el món.

Les 12 mostres estudiades en aquest estudi no contenien les variants sud-africana i britànica de l’coronavirus.

Les mostres es van obtenir en el Laboratori de “Referència” del “Centre de Control i Prevenció de Epidèmies” de el Ministeri de Salut d’Armènia. Els resultats es presentaran a el Centre amb fins epidemiològics.

Agraïments: El seqüenciador de tercera generació i tot l’equip complementari necessari es van obtenir mitjançant l’aplicació del programa de Fons de Subvencions per a la Innovació a la Universitat Armènia-Russa d’Armènia i subvencions proporcionades pel fabricant d’equips “Seeding Labs” el 2017 i 2019. Alguns dels reactius necessaris van ser proporcionats per Lilit Nersisyan, PhD, postdoc a la Universitat de Karolinska a Suïssa, i una altra part va ser adquirida gràcies al finançament de la Universitat Armènia-Russa. L’anàlisi bioinformàtica va ser realitzat pels recursos de l’Institut d’Informàtica i Problemes d’Automatització de l’Acadèmia Nacional de Ciències.

Armenia
Rusian Armenia


Altres estudis sobre genètica:

Holaaaaa

Factors genètics implicats en la COVID-19

Aquest estudi indica que variants de dues regions del genoma humà estan associades amb un major risc de desenvolupar insuficiència respiratòria en pacients amb infecció per SARS-CoV-2.

Dqopdj

Factors epigenètics que prediuen la gravetat de la COVID-19

Aquest estudi d’associació de tot l’epigenoma (EWAS) demostra que la dotació epigenètica de cada individu influeix en la gravetat de la malaltia COVID-19.

Hola

Variacions genètiques en el receptor de la testosterona y COVID-19

L’estudi demostra que les variants en els receptors d’andrògens són un factor que influeix en la pitjor evolució d’alguns homes amb COVID-19.

Dna

Identificació de gens que prediguin la gravetat de la COVID-19

El projecte INMUNGEN-COV-2 té com a objectiu identificar gens que prediguin la gravetat de la COVID-19 en pacients sense patologies prèvies.

GEN-COVID, la influència de la genètica en la COVID-19

Com influeix la genètica de l’hoste en la susceptibilitat i la gravetat de la infecció? Més informació a GEN-COVID, un estudi de la COVID-19 sobre genètica.

Estudi EPICO

Un registre nacional per a l’estudi del comportament de la COVID-19 en els nens, el seu impacte en l’epidèmia mundial i les seves conseqüències en la població pediàtrica.